Der hebräische Handschriftenbestand der UBL genießt aufgrund zahlreicher wichtiger Einzelstücke international großes Renommee. Zu den Spitzenobjekten zählt der zweibändige großformatige ‚Machsor Lipsiae‘ (Vollers 1102), eine Zusammenstellung der Gebetsgesänge für die besonderen Feiertage des jüdischen Jahres, der für den Gebrauch der jüdischen Gemeinde von Worms bestimmt war und mit seinen eleganten Miniaturen aus einer oberrheinischen Buchmalerwerkstatt des frühen 14. Jahrhunderts zu den schönsten Machsorim zählt. Herausragend sind auch der umfangreiche Pentateuch-Kommentar des großen jüdischen Gelehrten Raschi († 1105 in Troyes) in einer singulär autornahen Abschrift (B. H. 1) oder die sogenannte ‚Leipziger Bibelglosse‘, ein Pergamentcodex des 13. Jahrhunderts mit einem nur hier überlieferten altfranzösisch-mittelhochdeutsch-hebräischen Glossar zum Alten Testament (Vollers 1099).
Etwa zwei Drittel des Gesamtbestands gehen auf das Depositum der Leipziger Stadtbibliothek zurück, das die UBL seit 1962 bewahrt. Dies verdankt sich in erster Linie der Handschriftensammlung des bedeutenden Altdorfer Universalgelehrten und Orientalisten Johann Christoph Wagenseil (1663–1705), die der Leipziger Rat zu Beginn des 18. Jahrhunderts erwarb und die neben wichtigen mittelalterlichen Codices auch die originale Korrespondenz Wagenseils mit jüdischen und christlichen Hebraisten umfasst, eine herausragende wissenschaftsgeschichtliche Quelle (B. H. 18). Wagenseil war früher Vertreter einer toleranten Haltung zum Judentum.
Die hebräische Handschriftensammlung der UBL wurde zwischen 2015 und 2018 im Rahmen des Projekts ‚Digitalisierung von deutsch-jüdischem Kulturerbe‘ mit Förderung der Beauftragten der Bundesregierung für Kultur und Medien (BMK) vollständig digitalisiert. Alle Digitalisate sind von der israelischen Nationalbibliothek (NLI) über die Website ‚Ktiv: The International Collection of Digitized Hebrew Manuscripts‘ online zur Verfügung gestellt.