Die Papyrus- und Ostrakasammlung nahm 1902 ihren Anfang. Sie gründet sich auf die Leipziger Bemühungen im sog. Deutschen Papyruskartell. Diese Einrichtung mit dem Zusammenschluss mehrerer Sammlungen erwarb in Ägypten Papyri und Ostraka. Die originalen Schriftzeugnisse aus dem Alten Ägypten teilten die Mitglieder des Papyruskartells über ein Losverfahren untereinander auf.
Für die Leipziger Sammlung wurden von 1902 bis 1913 mehr als 5.000 Papyrusfragmente und Ostraka erworben. Mit dem Elan der ersten Begeisterung wurde ein geringer Teil sofort in einem Inventarbuch erfasst, einige -zig Papyri wurden verglast und erste 123 Papyri in einem Editionsband veröffentlicht. 1931/32 kamen weitere 52 Papyri als Schenkung der Freunde und Förderer der Universität Leipzig zur Sammlung hinzu. Danach trat Stille ein. Jahrzehntelang lagerten die Papyrusfragmente in ihren Transportkisten. Seit den 2000er Jahren wurde die Sammlung verglast, durch DFG-Projekte vollständig digitalisiert und im Papyrusportal erschlossen und öffentlich zugänglich gemacht.
Der Schwerpunkt der Leipziger Papyrussammlung liegt inhaltlich auf dokumentarischen Papyri und Ostraka, also Schriftzeugnissen, die das Alltagsleben des Alten Ägypten dokumentieren. Dazu gehören Steuerquittungen, Miet- und Pachtverträge, Adoptions- und Scheidungsurkunden. Daneben besitzt die Sammlung auch einige literarische Papyri, darunter drei Fragmente, die auf der Vorderseite (dem Recto) Verse aus einer Tragödie des Euripides und auf der Rückseite (dem Verso) einen astrologischen Traktat überliefern. Die Fragmente waren meistens Teil einer Papyrusrolle oder entstammen seltener einem Codex aus christlicher Zeit. Als Sprache überwiegt Griechisch. Daneben sind verschiedene Sprachstufen des Ägyptischen, wie Hieratisch, Demotisch und Koptisch, vertreten. Aus der Zeit nach der arabischen Eroberung stammen auf Papier geschriebene arabische Schriftstücke.
Zur Vorgeschichte der Sammlung gehören Mitte des 19. Jahrhunderts die Erwerbungen koptischer Fragmente durch Konstantin von Tischendorf. Der Ägyptologe Georg Ebers kaufte 1873 den später von ihm so benannten Papyrus Ebers, eine über 18 Meter lange, 3.600 Jahre alte und damit älteste vollständig erhaltene, in hieratischer Schrift geschriebene medizinische Handschrift.