Zum Bestand der Universitätsbibliothek Leipzig gehört auch die Bibliothek des Karl-Sudhoff-Instituts. Karl Sudhoff (1853–1938) war Arzt und der bedeutendste Medizinhistoriker seiner Zeit. 1905 wurde er als Extraordinarius für Medizingeschichte an die Universität Leipzig berufen und gründete am 1. April 1906 das weltweit erste medizinhistorische Institut, das seit 1938 seinen Namen trägt. Er baute ab 1906 auch die Institutsbibliothek auf, in die nach seinem Tod auch seine Handbibliothek integriert wurde. Es handelte sich in weiten Teilen um eine Fachbibliothek zur Geschichte der Medizin und Naturwissenschaften aber auch der Wissenschaftsgeschichte allgemein.
Hervorzuheben sind umfangreiche Erwerbungen zu seinen bevorzugten Forschungsgebieten, so zu Paracelsus, der Geschichte der Anatomie und der Geschichte der Syphilis. Ein Teil der wertvollen Bibliothek ist nach Auslagerungen im 2. Weltkrieg verloren gegangen, ihr heutiger Standort ist bisher nicht ermittelt.
Die Universitätsbibliothek Leipzig hat bisher rund 500 Exemplare des 15.–20. Jahrhunderts aus der Institutsbibliothek digitalisiert – es handelt sich hierbei um Titel, die noch nicht durch andere Bibliotheken digitalisiert wurden.