Zu den wertvollsten Beständen der UBL gehört ihre Sammlung von Inkunabeln und Blockdrucken. Als Inkunabeln oder Wiegendrucke werden alle abendländischen Drucke mit Erscheinungsjahr vor dem 1. Januar 1501 bezeichnet. Die Inkunabelsammlung der UBL mit rund 3800 Titeln ist die viertgrößte ihrer Art in der Bundesrepublik. Rund 680 Titel stammen aus dem Bestand der Stadtbibliothek. 200 Inkunabeln werden seit ihrer Auslagerung während des zweiten Weltkriegs vermisst. Der Großteil des Bestandes stammt aus den Klosterbibliotheken des albertinischen Sachsens und aus den verschiedenen Büchersammlungen der Universität. Zu den größten Kostbarkeiten der Sammlung zählt ein Pergamentexemplar der zweiundvierzigzeiligen Bibel ("Gutenbergbibel").