Der griechische Handschriftenbestand der UBL setzt sich aus einer universitätseigenen Sammlung mit 88 Signaturen und 30 griechischen Manuskripten des Depositums Leipziger Stadtbibliothek zusammen. Einzelne Stücke führen bis in die Gründungszeit der Universitätsbibliothek im mittleren 16. Jahrhundert zurück und sind kostbare Belege für die damaligen humanistischen Studien in Leipzig. Darunter ist der Codex graecus 16, der eine nur hier überlieferte byzantinische Chronik des Genesios und weitere bedeutende Palimpseste (getilgte und überschriebene Texte) enthält.
Der Großteil der Handschriften stammt aus Gelehrtennachlässen des 17.-19. Jahrhunderts und umfasst sowohl byzantinische Originalmanuskripte als auch Studienmaterial aus dem neuzeitlichen Europa. Die bedeutendste Einzelgruppe sind dabei sicherlich die Handschriften aus dem Vorbesitz des Leipziger Professors Konstantin von Tischendorf (1815–1874), zu denen der berühmte Codex Sinaiticus (Cod. gr. 1) gehört, die wohl älteste erhaltene Vollbibel mit Altem und Neuem Testament aus dem 4. Jahrhundert n. Chr. Doch umfasst die Sammlung Tischendorf noch weitere unikale oder besonders alte Textzeugnisse. Unter den Handschriften des Depositums Leipziger Stadtbibliothek ragt die umfangreiche Verschriftlichung des byzantinischen Hofzeremoniells aus der Zeit von Kaiser Konstantin VII. Porphyrogennetos (gest. 959) hervor, die zum Weltdokumentenerbe gehört (Rep. I 17).
Die griechische Handschriftensammlung der UBL wurde in Zusammenhang mit einem DFG-geförderten Projekt zur wissenschaftlichen Tiefenerschließung aus Eigenmitteln und mit Förderung des sächsischen Landesdigitalisierungsprogramms vollständig digitalisiert. Über das zentrale deutsche Handschriftenportal sind die IIIF-fähigen Leipziger Digitalisate bequem zusammen mit den detaillierten Handschriftenbeschreibungen aus dem Erschließungsprojekt recherchier- und benutzbar.