Die eigenständige Fragmentsammlung der UBL umfasst ca. 800 Signaturen und enthält überwiegend Stücke, die seit dem 19. Jahrhundert aus Einbänden des Altbestands ausgelöst wurden. Gründe für die Separierung der handschriftlichen Einbandmakulatur waren die Suche nach besonderen wissenschaftlichen Funden, die Auflösung von Sammelbänden oder restauratorische Maßnahmen. Weitere Fragmente gelangten durch Schenkung in den Bestand. Die Fragmentsammlung enthält zahlreiche bedeutende Einzelobjekte wie die Reste des ersten Nekrologs der Zisterzienserabtei Altzelle, Blätter aus dem 8. Jahrhundert mit extrem frühen deutschsprachigen Einträgen, Bruchstücke höfischer Epenhandschriften z. B. von Wolframs von Eschenbach ‚Parzival‘, frühe unikale Aufzeichnungen von Musikstücken oder Studienbelegzettel aus der Leipziger Universität des 15. Jahrhunderts. Gegliedert ist die Sammlung nach Sprachen in die Fragmenta latina, Fragmenta hebraica, Deutsche Fragmente etc.
Die Fragmentsammlung ist vollständig digitalisiert, wobei sich die Online-Präsentation nach der Verfügbarkeit von Erschließungsdaten richtet. Ein Großteil der Sammlung konnte im Rahmen eines Drittmittelprojekts für das internationale Portal Fragmentarium online gestellt werden.
Unter den umfangreichen Mengen an Fragmenten, die sich weiterhin in Einbänden befinden, sind alle Handschriftenbruchstücke in Bindungen der Inkunabelsammlung digital bereitgestellt.
Über das zentrale deutsche Handschriftenportal (HSP) und die Fragmentarium-Website kann bequem in den Digitalisaten und Erschließungsdaten der Leipziger Fragmente recherchiert werden.