Fünfte Periode (nach 1992)
Nach der Vereinigung der beiden deutschen Staaten wurde mit der nachfolgenden Gründung des Freistaats Sachsen das Ministerium für Wissenschaft und Kultur für die Universitäten zuständig. Es wurden die Sektionen wieder in Fakultäten und Institute umgewandelt, einige ganz geschlossen ("Abwicklung"), andere neu gegründet. 1993 übernahm die Universität in den Bereichen Erziehung, Sport- und Wirtschaftswissenschaft ehemals selbständige Einrichtungen – samt ihren Bibliotheken, darunter auch das Literaturinstitut. Für die Neuorganisation des gesamten Bibliothekssystems der Universität Leipzig bildeten diese organisatorisch-institutionellen Maßnahmen und eine dazugehörige Reihe von begleitenden Bauvorhaben zentrale Voraussetzungen für ihren Wiederaufbau – nicht nur, aber auch, in baulicher Hinsicht.
Wiederaufbaupläne für die gesamte Bibliotheca Albertina gab es seit 1956, die dafür notwendigen Gelder aber wurden erst im Februar 1990 durch die Volkskammer der DDR freigemacht: 46 Millionen Mark. Am Ende einer zehnjährigen Bauphase (1992–2002) waren 64 Millionen Euro (128 Millionen DM) verbaut, wurden ca. 60 Kilometer Bücher umgesetzt, eine Gesamtfläche von 31.000 Quadratmetern benutzbar gemacht und in den Lesesälen 750 Arbeitsplätze geschaffen (inzwischen 900) sowie 240.000 Werke in Freihand aufgestellt. Vom Gesamtbestand der ca. 5 Millionen Bücher sind heute ca. 3,5 Millionen in den Magazinen untergebracht. Die Hauptbibliothek bietet Nutzerarbeitsplätze für alle Disziplinen, vor allem aber für die Geistes- und Sozialwissenschaften, die seit 2002 ein eigenes neues Gebäude direkt gegenüber in der Beethovenstraße besitzen.
Neu- und Umbauten für andere Fächer betrafen 2000 die Chemie, 2001 die Theologie und die Rechtswissenschaft (mit 440 Arbeitsplätzen und 116.000 Werken in Freihand in einer neuen Bibliothek am Petersbogen), und 2006 die Orientalistik in der Schillerstraße (mit 63 Arbeitsplätzen und 75.000 Bänden in Freihand). Weitere Bauprojekte sind: Einzug der Wirtschaftswissenschaften, der Mathematik, Informatik sowie der Lehrbuchsammlung in eine neue Zweigbibliothek am Augustusplatz (spätestens 2009), gefolgt von der Errichtung neuer Zentralbibliotheken für Veterinärmedizin und für Medizin. Durch diese Vorhaben wird sich die Zahl der Zweigbibliotheken weiter reduzieren: von 50 im Jahr 1991 auf dann vermutlich unter 15. Die Zusammenlegung der Bibliotheken folgt im allgemeinen der Zusammenlegung der wissenschaftlichen Einrichtungen selbst, kann jedenfalls nicht unabhängig von der Lage der Institute erfolgen.
Für eine moderne Universitätsbibliothek ist das Angebot und die Vermittlung elektronischer Ressourcen entscheidend; angefangen beim elektronischen Katalog (WebOPAC), über den Nachweis der Zeitschriften über die Elektronische Zeitschriftenbibliothek (EZB), bis zur Einrichtung von Fachportalen in Zusammenarbeit mit Wissenschaftlern ist die Universitätsbibliothek heute ein in weiten Teilen virtuelles Institut der Literaturversorgung. Sie steht hier – technisch wie organisatorisch – in vielfältigen Kooperationsverbindungen mit anderen Bibliotheken sowie mit den Bibliotheksverbünden.
Zugleich spielen die alten Bestände eine nicht unbeträchtliche Rolle für verschiedene historische Disziplinen, wofür die wissenschaftlich begründeten Erschließungs- und Forschungsprojekte zeugen, die etwa zu den Papyri, zum Codex Sinaiticus oder zu den orientalischen Handschriften (mit Unterstützung der Deutschen Forschungsgemeinschaft, DFG) gelaufen sind oder noch laufen. Das Handschriftenzentrum an der Universitätsbibliothek Leipzig versorgt, ebenfalls mit Förderung der DFG, umliegende Bibliotheken wie Weimar, Halle oder Dresden mit einschlägigen Erschließungsdienstleistungen im Bereich des lateinischen und deutschen Mittelalters.
Bibliothekarinnen und Bibliothekare nach 1991
Der erste im neugegründeten Freistaat Sachsen eingestellte Direktor war der zuvor in Stuttgart arbeitende Historiker Dr. Ekkehard Henschke (geb. 1940, Amtszeit 1992–2005), der den Umbauprozess der Universitätsbibliothek Leipzig sowohl organisatorisch wie baulich wesentlich vorantrieb.
Nach Henschkes altersbedingtem Ausscheiden aus dem Amt führte Charlotte Bauer (geb. 1958) kommissarisch die Universitätsbibliothek (Mai–Dezember 2005), bis der zuvor in Wolfenbüttel arbeitende Kulturphilosoph Prof. Dr. Ulrich Johannes Schneider (geb. 1956) vom 1. Januar 2006 bis 31. März 2022 als Direktor angestellt wurde. Vom 1. April bis 31. Oktober 2022 führte Charlotte Bauer erneut kommissarisch die UBL, seit 1. November 2022 ist Dr. Anne Lipp Direktorin der Universitätsbibliothek Leipzig.